A Clínica Odontológica surgiu em 1963, na então denominada Faculdade Estadual de Odontologia de Londrina. Com a criação da Fundação Universidade Estadual de Londrina (FUEL) em 1971, o Curso foi integrado ao Centro de Ciências da Saúde (CCS) e a Clínica Odontológica passou a ser uma subunidade deste mesmo Centro.
A Clínica, a partir de 02/12/93, foi institucionalizada como Órgão Suplementar da Universidade Estadual de Londrina (UEL) passando a denominar-se Centro Odontológico Universitário Norte do Paraná (COUNP), por meio da Resolução CU nº 2486/93 e de seu Regimento aprovado pela Resolução CA nº 2609/94 de 25/05/94. Em 22/01/2004 por meio da Resolução CU nº 01/04 houve alteração na nomenclatura do Órgão, passando de Centro para Clínica Odontológica Universitária (COU).
