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O Programa de Pós-Graduação em Ensino de Ciências e Educação Matemática foi recomendado pela CAPES e implantado na UEL em 2002 e tem como proponentes os Departamentos de Física e de Matemática. Participam também do programa docentes dos departamentos de Biologia, Geociências,  Filosofia e Química.
Junto a CAPES, o programa está vinculado a área de conhecimento Ensino de Ciências e Matemática. Com três anos de funcionamento, o programa em sua primeira avaliação da CAPES, obteve conceito 4 (conceito atual do programa).
Em julho de 2006 a CAPES aprovou o projeto de Doutorado em Ensino de Ciências e Educação Matemática, curso que teve início em 2007.
Na última Avaliação Trienal da CAPES (2010) o Programa obteve nota 5 (cinco).
Sob responsabilidade conjunta de docentes de diferentes departamentos da UEL, o programa propõe-se à formação de professores/pesquisadores na área de Ensino de Ciências e Educação Matemática para atuarem nos diferentes níveis de ensino e desenvolver pesquisas que levem a uma maior compreensão a respeito da elaboração/construção dos saberes docentes/discentes nas áreas de conhecimento pertinentes ao programa. Deste modo, o perfil do profissional que se deseja formar é de um professor-pesquisador que por meio de sua produção intelectual e científica e de sua atividade profissional possa contribuir para o desenvolvimento do Ensino de Ciências e da Educação Matemática.
Envolvidos com as questões do Ensino de Ciências e Educação Matemática, docentes e discentes do programa organizam diversos eventos da área realizados na UEL: em 2004 o VIII EBRAPEM- Encontro Brasileiro de Estudantes de Pós-Graduação em Educação Matemática; em 2004 o I EPMEM - Encontro Paranaense de Modelagem na Educação Matemática;  em 2003 o Seminário de Pesquisa em História e Filosofia da Ciência; em 2006 o X EPEF- Encontro Nacional de Pesquisa em Ensino de Física, e em novembro de 2009 o VI CNMEM - Conferência Nacional sobre a Modelagem na Educação Matemática. Em 2011 o V EREBIO (Encontro Regional de Ensino de Biologia), promovido pela SBenBio (Sociedade Brasileira de Ensino de Biologia – Regional Sul), e o IV Simpósio Latino Americano e Caribenho de Educação em Ciências, promovido pelo ICASE (International Council of Associations for Science Education).
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