O departamento de Microbiologia atende os cursos de graduação em Agronomia, Biomedicina, Ciências Biológicas, Enfermagem, Farmácia, Fisioterapia, Medicina, Odontologia e Zootecnia.

Além de possuir um programa de pós-graduação (mestrado e doutorado), este departamento colabora também com outros cursos de pós-graduação como: Especialização em Biologia Aplicada à saúde, Especialização em Ensino de Ciências Biológicas, Mestrado e Doutorado em Agronomia e Mestrado em Odontologia.